「Say that again.」は普通の会話の中で聞き取れなかった時にも「もう一回言って」として使うのですが、この場合はちょっと語尾が上がりますね。
ご質問の場合は口論の中で、という事ですので、語尾を下げて多少勢いよく言っているイメージです。(口喧嘩のような場面を想像しました。)いずれにしろ、言い方次第です。
ちなみに多少丁寧に言いたい時もsay that againを使って、「Could you say that again?(もう一回いってもらえますか?)」で大丈夫です。
参考になれば幸いです。