どうやって使い分けたらいいですか？って英語でなんて言うの？

なるべく直訳とありますが、直訳するととても不自然な言い方になってしまいます。
何を使い分けるかにもよりますが、例えば２つの言葉や単語を使い分ける場合なら、次のようにいうのが自然かと思います。

ーHow do you know when to use each of these two words?
「これらの２つの単語をそれぞれいつ使うかわかる？」＝「どうやってこの２つの単語を使い分けたら良い？」

ーHow can I differentiate between these two words?
「どうやってこの２つの単語を区別できる？」
differentiate 「区別する・識別する」を使っても表現できます。

ご参考まで！

「AとBをどうやって使い分けたらいいですか？」という質問は、"How should I differentiate between A and B?" または "How should I decide when to use A or B?" と直訳すれば英語で表現できます。"Differentiate" は「区別する」、"decide" は「決定する」を意味する言葉です。

また、「二つをどうやって使い分けたらいいですか？」という質問は、"How should I choose between the two?" または "How should I differentiate between these two?" と表現することができます。"Choose" は「選択する」を意味します。