My body is selfish, and didn't listen to my brain.
My body is selfish, and didn't follow my orders.
「わがまま」は英語で「selfish」といいます。
My body is selfish, and didn't listen to me.
私の体はわがままで、私のいうことを聞いてくれなかった。
「体」に「脳」から指示が出されるなので、「brain」も入れてみてもいいですね。
My body is selfish, and didn't listen to my brain.
私の体がわがままで、私の脳のいうことを聞いてくれなかった。
「いうことに従う」、「命令に従う」というふうにも言えると思います。
「命令に従う」は「follow orders」といいます。
My body is selfish, and didn't follow my orders.
私の体がわがままで、私の命令に従ってくれなかった。