Is that for the whole company or just for this factory?
Is that the price for the whole company or just for this one factory?
日本語だと2つの文分けて聞くのが普通ですが、英語だと一つの分にまとめて聞くのが普通です。
この場合は接続詞の「or (か)」を使います。
Is that for the whole company or just for this factory?
それは会社全体ですか。それともこの工場だけですか。
Is that the price for the whole company or just this one factory?
それは会社全体の金額ですか。それともこの工場だけの金額ですか。
日本語だと、「か」を連続で使うことができますが、英語で3つ以上の選択肢を分に入れるとき、最後のところだけ「or」を入れるのが正しいです。以下の例を参考にしてください。
Is that the price for the whole company, 3 factories, or just one factory?
それは会社全体の金額か、工場三つの金額か、工場一つだけの金額ですか。