この場合はThank you for letting me know（アメリカみたいに上司とでももっとカジュアルに話し合う場合はThanks for letting me knowでもOKです）が一番一般的です。直訳すると「知らせてくれてありがとう」になります。
また、Thank you/Thanks for giving me a callあるいはThank you/Thanks for calling me（電話してくれてありがとう）とも言えます。どちらでも使ってもいいですが、前方の方が「知らせる」と言うニュアンスがあって、このケースにもっとふさわしい言い方です。
例文
A: Sorry, I can't make it to your party tonight.
ごめん、今夜のパーティーにいけないんだ。
B: I see. That's a shame. Thanks for letting me know.
そうなんだ。残念だな。連絡ありがとう。
I'm sorry to hear you're not feeling well. Thanks for giving me a call.
体調が悪くて残念ですね。連絡してくれてありがとう。
上司が言う「連絡ありがとう」は英語で「Thanks for letting me know.」と言います。「us」より「me」のが適切です。人を「calling out」するというのは「喧嘩をいどむ」という意味ですので、あまり使わないほうがいいと思います。
この前の病欠、連絡ありがとう。
Thanks for letting me know you were sick the other day.
アメリカ合衆国 
カナダ 
