最初の言い方は、The fingerprints remain intact は、「指の跡がくっきり残る」と言う意味として使われていました。
最初の言い方では、fingerprints は、指の跡と言う意味として使われています。例えば、The fingerprints remain intact on the rug mat if you trace it with your fingers. は、ラグマットを指でなぞると指の跡がくっきりと残りますと言う意味として使われていました。
二つ目の言い方は、The finger marks remain は、「指の後は残る」と言う意味として使われていました。
二つ目の言い方では、finger marks は、ゆびの跡と言う意味として使われています。
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この場合の 指の跡 は 指の指紋で fingerprint ではなく
finger mark の方が適切だと思います。
跡 で mark と言うだけでも有りです。
「ラグマットを指でなぞると跡が残る」
"There's a mark left behind when you trace the rug mat with your finger"
アメリカ合衆国 
日本 
