issue invoices(請求書を発行する)を使い、We can only issue invoices in Japanese Yen. と表現するとビジネスで自然に伝わります。
例えば下記のように表現できます。
・I'm afraid we can only bill you in Japanese Yen.
『恐れ入りますが、日本円でしか請求できません。』
・Unfortunately, we are only able to issue invoices in JPY due to our system limitations.
『あいにく、システムの制限により日本円でしか請求書を発行することができません。』