Since you didn’t install it as instructed in the drawing, unfortunately, we will not be able to guarantee the quality.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
『図面通りに取り付けられていないので、品質を保証できかねます』は、
いくつか言い方が考えられますが、
Since you didn’t install it as instructed in the drawing, unfortunately, we will not be able to guarantee the quality. として
『図面にある指示通りにお取り付けされなかったため、残念ながら品質を保証することはできません。』と言えます。
『図面通りに取り付けられていない』ということは、『その指示に従わずに取り付けた』と言えるので、you didn’t install it as instructed としました。as instructed 『指示に従って』はよく使われるフレーズです。
参考になれば幸いです。