ーCan I please have two small orders of 〇〇?
「〇〇の小さいサイズを2つください」
〇〇にはテイクアウトするメニューを入れてください。
ーCan I have one without the green onions?
「一つはネギを抜いてください」
without (the) green onions で「ネギ抜きで・なしで」
ーI'd like to have two small 〇〇. Could you please take out the green onions in one of them?
「〇〇の小さいサイズを2つください。一つはネギを抜いてもらえますか?」
to take out ... で「…を抜く」
ご参考まで!