Those two flags have the same colour combination, but the green and orange are backwards.
Both flags have the same colours, but they're in a different order on each flag.
ーThose two flags have the same colour combination, but the green and orange are backwards.
「この2つの国旗は同じ配色だけど、緑と橙が逆です」
colour combination で「配色」
backwards で「逆の」
ーBoth flags have the same colours in them, but they're in a different order on each flag.
「どちらの国旗も同じ色だけど、色の順番が異なります」
in a different order で「異なる順番に・順序で」
ご参考まで！
“The two flags have the same colors, but they’re reversed.”
“The two flags have the same colors, but they’re reversed.”
直訳すると「二つの国旗は同じ色を使っているが、逆になっている」となります。
短く、口語的で使いやすい表現です。国旗など「左右が入れ替わっている」状況にぴったりです。
“They have the same color scheme, but in the opposite order.”
こちらは少し丁寧な言い方で、「同じ配色だけど並び順が逆」という意味になります。
カナダ 
アメリカ合衆国 
