We only have drinks in sizes S and M when serving them in mugs.
マグカップでの提供はSサイズとMサイズのみになります - We only have drinks in sizes S and M when serving them in mugs もしくは For mugs, we only do S and M sizes.
Is that ok? を付け加えるもっと親切だと思います。
例えば
A: Could I get a hot coffee, please? Oh, I'd like it in a mug.
B: For mugs we only do S and M sizes, is that ok?
A: Sure, I'll go with the M size.
この do は 「する」というより「提供する」という意味になります。