Thank you for getting back to me so late at night.
Thank you for emailing me back even though it was kind of late.
ーThank you for getting back to me so late at night.
「こんな夜遅くに返信いただきありがとうございます」
to get back to ... で「人に返信する」
late at night で「夜遅くに」
ーThank you for emailing me back even though it was kind of late.
「遅いにもかかわらず、返信いただきありがとうございます」
to email ... back で「人にメールを返信する」
ご参考まで！
I know you were busy yesterday but thank you so much for replying last night.
「夜遅くに返信ありがとうございます」は英訳にすれば、「Thank you for your reply late last night.」になります。
最初の部分、「Thank you for your reply」は「返信ありがとうございます」という意味です。そして、「late last night」は「夜遅く」という意味です。
別の言い方で「I know you were busy yesterday but thank you so much for replying last night.」と言えます。「あなたは昨日忙しかったこと知ってたけど、夜遅くに返事くれて本当にありがとうございます」を表します。この言い方で言えば、感謝の気持ちはっきり伝えらると思います。
ご参考になれば幸いです。
カナダ 
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