The overpaid amount will be deducted from the full amount, then transferred to you.
ご質問ありがとうございます。
「満額分から、お支払いし過ぎた分を控除しお振込みしています」は英訳すれば、「The overpaid amount will be deducted from the full amount, then transferred to you.」になります。
最初の部分は「The overpaid amount will be deducted from the full amount」は「満額分から、お支払いし過ぎた分を控除します」という意味です。
そして、「then transferred to you.」は「あなたへ振込しています」を表します。
ご参考になれば幸いです。