Those two cities are quite aways from one another.
Those two cities are distant from one another.
... are away や ... are apart だけの言い方は不自然になり、この場合 apart を使うなら far apart のようにfar をつけてあげると良いでしょう。
ーThose two cities are far apart.
「その2都市は(距離が)離れている」
away を使うなら quite aways (a ways) from one another のように言えます。
ーThose two cities are quite aways from one another.
「その2都市は互いにかなり離れている」
ーThose two cities are distant from one another.
「その2都市は互いに離れている」
distant「距離がある」を使っても表現できます。
apart は時間や空間的に離れていることを意味し、away はある視点から見て離れていることを意味します。
ご参考まで!