What is the most memorable accomplishment that you have ever done/achieved (since you started working)?
特段上司に聞くための表現というわけではありませんが、この聴き方で特に失礼ではないと思います。
What is the most memorable accomplishment that you have ever done/achieved (since you started working)?
most memorableで「最も記憶に残る」です。accomplishmentは「達成」です。
動詞はdoでもachieveでもOKです。
また、上記のようなdirect questionではなく
Would you mind sharing your most memorable accomplishment?
のように聞いてもいいかと思います。
参考になれば幸いです。