I hope vaccination will go smoothly, and you will safely be immune to Covid-19 without having any strong side effects.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
『予防接種が無事に終わりますように』は、
いくつか言い方が考えられますが、
例えば、
I hope vaccination will go smoothly. として、
『予防接種がうまくいきますように。』と言えます。
また、
I hope vaccination will go smoothly, and you will safely be immune to Covid-19 without having any strong side effects. とすると、
『予防接種が順調に進み、強い副反応なく安全に免疫がつくこと願います。』と言えます。
メモ
immune to ~に対して免疫がある
参考になれば幸いです。