Please place the projection side down on the machine. If it’s upside down, it will be defective.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
『出っ張っている方が下に来るように置いて』は、
いくつか言い方が考えられますので、ここでは一例を挙げておきますね！
Please place the projection side down on the machine. If it’s upside down, it will be defective. とすると、
『突起がある方を下にして機械にセットして下さい。もし反対になっていると、不良になります。』と言えます。
メモ
projection 突き出した物・部分、突起
upside down 逆さまに・で
defective 正常に機能しない、欠陥のある
参考になれば幸いです。
「出っ張っている方」は
protruding part（突き出ている部分）
raised part（盛り上がっている部分）
という表現が自然です。
■ Place it with the protruding part facing down.
「出っ張っている部分が下を向くように置いてください」
→ facing down（下向き）を使うことで、「向き」をはっきり伝えられます。
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