「3人ずつ」はつまり「一回で3人」ということですので、英語ではこれをthree people at one timeと表現します。three people at a timeとも言えますが、「一回で3人で集まる」より「多くの人を3人ずつに分けて次々と集まる」のニュアンスが含まれています。
例文
コロナで大人数では集まれないので、3人ずつで集まるようにしています。
I can't hang out in large groups of people because of corona, so I'm making sure to hang out in groups of three people at one time.
また、一回で3人「まで」と言いたい時はup to three people at one timeと言います。
例文
To prevent the spread of infection, we are only letting up to three people in the room at one time.
感染拡大対策として、部屋に入れるのは一回で3人までとしています。
「3人ずつ」は英語で「3 at a time」と言います。「一回に3人まで」というニュアンスに近いです。人が集まる時は、「in groups of 3」のがふさわしいと思って「三人で集まる」というニュアンスです。
3人ずつ集まったら問題ないと思いますが、気を付けましょう。
I don't think there will be a problem if we gather in groups of three, but let's be careful.