詳しいシチュエーションがわかりませんが、次のように言えると思います。
ーWhere did you put the mark?
「どこに印をつけましたか?」
to put the mark で「印をつける」
ーWhere did you mark it?
「どこに印をつけましたか?」
mark は動詞としても使え、 to mark で「印をつける」という意味です。
ご参考まで!
「印」は英語で mark や sign、check など、文脈によって使い分けられますが、目印全般を指す場合は mark が一般的です。「つける」は make や put を使います。
Where did you make the mark?
あなたはどこに印をつけましたか?
Where did you put the marker?
マーカー(目印)をどこに置きましたか/つけましたか?
marker は、文字通り「目印」や「印をつける道具」を指しますが、「印そのもの」の意味でも使われます。