It's best to register directly with a company that conducts tours.
You should register directly with a company that gives tours.
ご質問ありがとうございます。
「ツアーを行う」はconduct toursとgive toursと言います。offer toursも言えると思いますが、offerは「提供」という意味ですので、ちょっと違いますね。
「〜した方がいい」はit's best to 〜とかyou should 〜です。you shouldは相手にアドバイスを述べて、優しい命令みたいな言い方ですので、お客さんみたいな人にit's best toの方がおすすめです。
ご参考いただければ幸いです。
You should book directly with the company that runs the cruising tour, not the travel agency.
You should book directly with the company that runs the cruising tour, not the travel agency.
『旅行代理店ではなく、そのクルージングツアーを運営する会社に直接申し込むべきだよ。』
book directly with...：「〜に直接申し込む/予約する」という意味です。
the company that runs the cruising tour：「クルージングツアーを運営する会社」
アメリカ合衆国 
