I was injured during my commute, so they treated me in the company's medical room.
ご質問ありがとうございます。
「通勤」はcommuteと言います。「通勤中」はduring the commuteとかwhile commutingになります。
「怪我をした」はI was injuredとかI got injuredとかI had an injuryなどに訳せます。そして、injuryの代わりにI got hurtも使えます。
「保健室」はinfirmiryと言いますが、この言葉は病院のイメージを持ち、普段の会社にないところに違いないですので、上記にmedical roomに訳しています。
ご参考いただければ幸いです。