Shall I assign your companion to the seat next to yours?
ご質問ありがとうございます。
もしかして、このことは席が事前に予約していない場合ですか?そうであれば、2番目の回答を使えます。そんな場合には「用意する」はprepareじゃなくて、assignに訳すことが多いと思います。
でも、席がもう決まっている時と一般の時に1番目の回答を使えます。
例:(事前予約した席が離れている場合)
Right now your seats are separated. Would you like me to assign your companion to the seat next to yours?
ご参考になれば幸いです。