ご質問ありがとうございます。
・I can't pick you up so give me a phone call.
＝「迎えに行けないから私に電話して。」
（例文）I can't pick you up so give me a phone call. It's dark outside so I'm worried.
（訳）迎えに行けないから私に電話して。外は暗いので心配です。
・pick upは「お迎え」の事です。
（例文）My mom will pick me up.
（訳）母がお迎えに来ます。
お役に立てれば嬉しいです。
Coco
この場合は、"I can't pick you up, so let's talk on the phone." が適切な表現です。
「pick you up」は「車などで迎えに行く」という意味で、ネイティブがよく使うフレーズです。「talk on the phone」は「電話で話す」という動作を簡潔に伝えます。
他の言い方
"Since I can't come get you, call me on your way home and we'll talk."
『迎えに行けないから、帰り道に電話して、話そうね。』
日本 
アメリカ合衆国 
