What can't you do?
であっていますか?
What can you not do?
ですか?
ご質問ありがとうございます。
「What can't you do?」や「What can you not do?」の中に「What can't you do?」の方良いと思います。しかし、もしかして、人による失礼な質問かもしれませんので、その代わりに「Is there something you're not able to do?」の方が良いです。
この言い方の方が丁寧です。
ご参考になれば幸いです。