果物や野菜についてMade in Japanは通じますが、あまり言わないです。無機物な製品感があるのは正しいですね。
農家が作った果物や野菜を入れる箱に、英語でProduct of Japanで表現できます。productは厳密にいうと「製品」という直訳になりますが、made in Japanより幅広く使われていて果物や野菜についても使われています。
Produce of~という表現もありますね。produceは果物・野菜という意味です。Product of~ほど使われていないですが、違和感なくこれも使えます。
ご参考になれば幸いです!