ご質問ありがとうございます。
「君のいない場所は空気が薄い」は直訳すれば、「The air is thin in the place where you're not at」になりますが、これ言うと通じられないはずです。
その代わりに「It's hard to breathe when you're not around.」の方がよいと思います。
日本語だと「君がいないと息苦しい」と同じニュアンスを持っています。
また、別の言い方ですが、同じ内容で「I'm at a loss when you're nowhere in sight.」にも言えます。好きな人等いないと苦しいという意味です。
ご参考になれば幸いです。
「君のいない場所は空気が薄い」という表現は、「君がいないと息苦しい」という気持ちを伝える比喩的な言い回しです。この場合、「The air feels thin without you.」が適した英語フレーズとなります。「without you」で「君がいない」を表し、「the air feels thin」が「空気が薄い」というニュアンスを持っています。
It feels suffocating when you're not around.
I'm breathless without you here.
アメリカ合衆国 
