I'm planning to live here for 5 years in total and I've already been here for 3.
ご質問ありがとうございます。
「合計」はレシートとかで見たらTotalに訳されていますね。文書で使ってもtotalにするのが自然です。そして、「滞在」はliveとかstayとかbeなどいろいろな言い方がありますが、この話ではその三つがいいと思います。「すでに」はalreadyです。
例文：I originally planned to stay for 5 years, but in a flash, 3 years have already passed!（この英文で「もしかして5年以上滞在予定に変更するかなぁ」みたいな意味が伝わります。）
ご参考になれば幸いです。
I'm planning to stay here for a total of five years and this is my third year.
ご質問ありがとうございます。
・I'm planning to stay here for a total of five years and this is my third year.
＝「合計で５年滞在予定で、現在３年目滞在です。」
（例文）How long are you staying in Japan?//I'm planning to stay here for a total of five years and this is my third year.
（訳）何年程日本に滞在予定なのですか？//合計で５年滞在予定で、現在３年目滞在です。
・2年目:second year、3年目:third year
（例文）This is my second year living here.
（訳）ここに住んで2年目です。
お役に立てれば嬉しいです。
Coco
アメリカ合衆国 
日本 
