この場合の「あ、ほんとだ」は次のように表現すると良いでしょう。
ーOh yeah, you're right.
「あなたの言う通りです」
ーOh, I didn't even realize/notice.
「気がつきませんでした」
例:
A: You have something on your shirt.
「シャツに何かついてるよ」
B: Oh yeah, you're right.
「あ、ほんとだ」
ご参考まで!
・Oh, you're right: 「あ、君の言う通りだ」という意味になります。相手の指摘が正しいと認める簡単な表現です。
また、「気づかなかった」というニュアンスを少し含む場合には以下のように言うこともできます。
・Oh, I see it now: 「あ、今わかったよ」と、見落としていたけど今は分かったという感じです。