ご質問ありがとうございます。
物によることなりますが、「become a ball」と間違いないです。しかし、粉について、個人的に「become a mass」の方が良いと思います。。
ですので、「小麦粉がだまになっていて溶けない」の場合、「The flour became a mass and it's just not wanting to break down.」になります。
また、「プロテインがだまになっているので飲みづらい」の場合、プロテイン(液体)なので「become a mass」より「became chunky」の方が良いです。
和文を英語にすると「The protein shake became chunky so it's hard to drink.」になります。
ちなみに、「not dissolve completely」以外に「not break down completely」でも言えます。
ご参考になれば幸いです。