I used to feel nothing but a feeling that something is wrong, but now it's completely gone.
【nothing but】「ただ~」、「感」【a feeling】、【something is wrong】で「違和感」。「それが今は完全になくなった」は「完全に」【completely】、「なくなった・どこかへ行った」【gone】、となります。
【something is wrong with O】で「Oの~がおかしい・変」と言う意味になります。質問で聞く場合は【Is there anything wrong with O?】とも聞けます。