この場合は次のように言うと良いでしょう。
ーI'll take that time then, please.
「ではその時間を取っておいてもらえますか」
to take that time「その時間を取る」を未来形で言うと良いでしょう。
または次のように言うのも自然です。
ーCould you schedule me for that time please?
「その時間に予約を入れてもらえますか?」
to schedule me for that time で「その時間に私を予約に入れる」
ーCould I have that time slot please?
「その時間枠を予約できますか?」
to have that time slot で「その時間枠を予約する」
ご参考まで!