Currently, the medical insurance system has a structural problem and it's quite difficult to fix it.
ご質問ありがとうございます。
「Structural issues」と言ったら、通じられると思いますが、「structural problem」の方がよく使います。
また、「これは、現在の保険医療システムの構造的問題なので解決が難しいですね」という文章も英訳したいなら、そうすると、「Currently, the medical insurance system has a structural problem and it's quite difficult to fix it.」になります。
ご参考になれば幸いで