そもそもの目的がズレているって英語でなんて言うの？

まず回答すべてに共通しているmiss the point　これが「ポイントがずれている、的外れである」という意味になります。

１は、ストレートに「君の提案は的外れだよ。（ポイントがずれてるよ。）」と言う言い方です。少し威圧感があるかも。

２は、少し婉曲的に「君の提案はポイントがずれてるようだよ。」と言っています。

３は、「残念ながら君の提案はポイントがずれてるよ。」と控えめに残念がって言っているニュアンスです。I'm afraid SV～。は「残念ながら」とあまりよくないことを思う時に使う表現です。

以上、よろしくお願いいたします。

加筆です。

他には以下のような言い回しもあります：
It does not align with the objectives.
目的と少しずれている。

ご参考になれば幸いです！