Japan doesn't have an adequate system in place to accept refugees.
ご質問ありがとうございます。
「受け入れ体制」は直訳すれば、「acceptance system」になりますが、自然な言い方で「system in place to accept」の方が良いと思います。
また、「日本は、難民に対する受け入れ体制が十分に整っていない」と言いたいなら、そうすると、「Japan doesn't have an adequate system in place to accept refugees.」になります。
ご参考になれば幸いです。