To avoid being constipated, you should lay flat on the ground on your stomach before you go to sleep.
to prostrate は崇敬や服従を表すためにひれ伏す事を言うので、この場合は次のように言うと良いでしょう。
ーTo avoid being constipated, you should lay flat on the ground on your stomach before you go to sleep.
「便秘にならないように、寝る前に腹ばいになると良い」
to prostrate を使った例文：
Often times you will see Islamic people praying in a prostrate position.
「イスラム教の人がひれ伏した姿勢で祈っているのを見ることがよくあるでしょう」
このように崇敬のためひれ伏す時に使うと良いですよ。
ご参考まで！
カナダ 
