魚の調子が悪い時は、次のように言うと良いでしょう。
ーMy pet fish is not in very good shape.
「ペットの魚が調子が悪い」
ーMy goldfish is sick.
「うちの金魚が病気だ」
例：
I have pet rice fish and they often get sick during the rainy season.
「ペットのメダカを飼っているんだけど、梅雨の時期はよく調子が悪くなる」
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
「飼っている魚が）調子を崩す」は英語で「My pet fish has not been in good shape recently.」と言います。
また、「飼育しているメダカや金魚、熱帯魚が調子を崩す」と説明したいなら、そうすると「Killifish, goldfish, and tropical fish don't do so well when in captivity.」になります。
「メダカは梅雨の時期になると、雨によって調子を崩しやすくなります。」の場合、「Killifish don't do well when the rainy season comes as they seem to be in bad condition when it rains.」になります。
ご参考になれば幸いです。
カナダ 
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