ご質問ありがとうございます。
食事中にどうしてもトイレに行きたくなって席を離れる時、このシチュエーションで「Excuse me, I'll be back.」と言えます。
食事中なので、「I'm going to the bathroom」とか少し違和感かもしれませんので、「Excuse me, I'll be back.」で十分だと思います。
ご参考になれば幸いです。
「ちょっと失礼します」は英語で「Please excuse me for a bit.」と言います。英語圏の文化はもっとストレートをいう人が多いので、「Excuse me, I'm just going to use the bathroom.」（失礼します、ちょっとお手洗い行ってきます）という表現はおかしくはありません。女性はよく「I'm going to powder my nose」（メイクをなおしてきます）という定番の表現を使います。
ちょっと失礼します
Excuse me, I'm going to use the bathroom.
こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：
Excuse me. I'll be right back.
失礼します。すぐ戻ります。
excuse me で「失礼します」のニュアンスになります。
be right back で「すぐ戻る」と言えます。
ぜひ参考にしてください。
アメリカ合衆国 
カナダ 
