School dayは大体小学校〜高校の授業日という意味で使われています。学校に行く日と同じような意味で使います。
大学での、例えば月水のみの授業とかであれば、school dayじゃなくday when the class is held、day of classのような表現にします。
例えば、
Organic Chemistry is held on on Mondays and Wednesdays.
有機化学の授業を行う曜日は月水です。
What days do we have Organic Chemistry class?
有機化学の授業を行う曜日は何ですか?
ご参考になれば幸いです!