寝かかっている子を起こそうとしてると、もう1人は起こさないであげて。と言う場合です。Shh, don't wake him up. などは不自然でしょうか?
Don't wake him up. は自然な言い方ですよ。その他にも次のような言い方ができます。
ーPlease don't disturb him.
「彼を起こさないであげて」
to disturb で「睡眠を妨げる」という意味があります。
ーYou should just let him sleep.
「彼を寝させておいてあげて」
to let someone sleep で「人を寝させておく」
ご参考まで!