It is troublesome to make sure that one frame or scene of the video matches the speed of its subtitles.
ご質問ありがとうございます。
"It is troublesome to make sure that"=「~だと確認するのは面倒である」
(_troublesome_ の代わりに _bothersome_ とも言えます。)
"one frame or scene of the video matches the speed of its subtitles."=「動画の一コマ、あるいはシーンが字幕のスピードに合うようにするのは。」
ご参考までに。