At my school, the card-reader scans my school ID and then I'm registered as being present.
ご質問ありがとうございます。
"At my school,"=「僕の学校では」
"the card-reader scans my school ID"=「カードリーダーが僕の学生証を読み取る」
"and then I'm registered as being present."=「そして、僕は出席として登録されます。」
☆「通す」がもしクレジットカードのように動作でしたら、*swipe*という動詞が使えます:"I swipe my student ID for my attendance."=「出席のために学生証を通します。」
ご参考までに。