システム的なハードルがあるって英語でなんて言うの？

システム屋兼英語スクール講師のランケンのためにあるようなご質問ですね（笑）。
Hugeと書いて勝手に、大きな問題があると仮定してしまいましたが、たいしたハードルでなければsome programming issuesでもよいかと思います。
程度は適当に形容詞をいれてあげてください。

ハードルに関して言うと、ランケンも普段からシステム開発の英語を使っていますが、ハードルって言葉をあんまり使いません。
issueやdifficultyを使って、問題があると言う事をストレートに伝えています。
そのうえで、具体的にはインターフェースの問題なのか、ソフトウェアとしての互換性の問題で根が深いのか、プログラミングで何とか出来るレベルなのかを話してあげれば良いです。

"There are technical challenges in merging the two systems." 「2つのシステムを統合するには技術的なハードルがあります。」

役に立ちそうな単語とフレーズ

technical: 技術的な、システム的な
hurdle: 障害、ハードル
challenge: 課題、挑戦
merge: 統合する、合併する
system: システム