彼が実際に怒っているかどうかわからない状態で、聞き手があなたに彼がなぜ怒っていると思うのかと聞いているなら、次のような言い方ができます。
ーWhat makes you think he is angry?
「何があなたを彼が怒っていると思わせるの?」=「なぜあなたは彼が怒っていると思うの?」
彼が実際に怒っていて、聞き手があなたに彼が怒っている理由を聞く場合は、次のように言えます。
ーWhy do you think he is angry?
「あなたは彼がなぜ怒っていると思う?」
ご参考まで!