I've finished checking ~ and I had a question on that.
I've just finished checking ~ and wanted to ask you a question about that.
ご質問ありがとうございます。
この文脈では「そこで」を*on that*、又は *about that*と訳しました。
特に、確認作業が終わり、それでちょうど質問をしたい、という感じを伝えるには "I've just finished checking"の*just*を付け加えることもできます。
又は、口頭ですと、"I've finished checking ~ and there I had a question I wanted to ask you."=「確認を終えたのですが、そこであなたに聞きたい質問が一つありました。」とも言えます。
ご参考までに。