「腰とか肩とか」とつけるのは、日本人的には、「内臓系の病気ではなく、凝りとか筋肉や筋の痛み」という感じの質問です。
この場合、次のような聞き方ができますよ。
ーDo you have any problems with your back, neck, shoulders or anywhere else?
「腰や首や肩など、どこか問題がありますか?」
Do you have any problems with ...? を使って聞くことができます。
問題があるということは、悪いとも言えますね。
ーDoes your back, neck, shoulders or anywhere else bother you?
「腰や首や肩など、どこかあなたを悩ましますか?」
to bother「悩ます・困らせる」を使って聞くこともできます。
ご参考まで!
英語で「腰」や「肩」の不調を確認する場合は、"Do you have any problems with..." というフレーズが一般的です。
"Do you have any problems with your back or shoulders?"
(腰や肩に問題はありますか?)
"Do you feel any discomfort in your back or shoulders, like muscle pain or stiffness?"
(筋肉痛や凝りなど、腰や肩に不快感はありますか?)