性格の問題ではなく、人としてどうかと思うって英語でなんて言うの？

こんにちは。
　ご質問の文を英語にするのはなかなか難しかったです。
以下に直訳、語句と表現を記します。最後の inside の説明で、文全体の意味のとり方がよく分かると思います。

★ 直訳
　「それは彼の性格についてではなく、彼が内側で本当は誰なのかについてです」
　主語は「彼」としましたが、もちろんご質問者様の文脈に合わせて誰を入れても大丈夫です。

★ 語句と表現
・It is about 〜. 「それは〜ついてだ、問題は〜だ」
　ここで言う「問題は problem や trouble の意味の問題ではなく「取り上げるべき事柄」という意味です。
　そしてこの日本語の「問題」にあたるのは、英語表現の中では it で表されていますが、会話の文脈で登場している「取り上げるべき事柄」にあたります。

・not A but B「AではなくB」
　これはすぐにお分かりかと思いますが、 not about A, but about B とすることによって「AについてではなくB」という意味です。

・character「性格」

・who he really is「彼は本当に誰なのか」
　よく疑問詞を使って what I am 「現在の私」who I am「私が誰か」などという名詞のかたまりを作ることがあります。
　疑問詞を使っていますが、主語→be動詞 の順番で書かれていることから「疑問文ではない」ということが分かります。

　余談ですが、
　You don't know who I am. 「お前はおれが誰かを分かっていない」
　You don't know what I'm capable of. 「おれに何ができるかをお前は知らない」
　のようなセリフをハリウッド映画や海外ドラマなどで聞くことがあります。脅しに使ったりしていることがよくあります。

・inside「内側で」
　「性格の問題ではなく、人としてどうか」というのを英語にするは少し難しく、ここで悩みました。どちらも英語の character で表せてしまう可能性があるからです。
　そこで character が持つ意味とニュアンスを考えると「外見上分かる性格」ということがあります。次に、ではその人の人としての資質の根底となる「中身」についてはどうなのかを考えた場合に、「彼が心の内側では本当は誰なのか」という表現が合うかと考えました。
　それらを合わせて考えると who he really is inside とすることによって表すことができますし、当然ネイティヴが言う英語です。
　
　また少し発想を変えて、what he believes in「彼が何を信じているのか」のように考えても、その人の内側の考えを表すことができるので良いかと思います。

　以上ですが、お役に立ちましたでしょうか。

「性格のせいにできるかどうかっていうと、ちょっとそれは違う気がするな。人間の根本的な良識にかかわる問題だと思うよ」

と

「それは性格以前の問題だな。ちょっと彼は精神的な問題を抱えている感じがする」

の二つです。

basic human decencyは決まり文句で「人間として最低限の良識」で、これが欠けている（lack of it）と、「人としてどうかと思う」とほかの人に思われることになります。