この場合、次のような聞き方ができますよ。
ーDo you need to change trains at Tokyo Station?
「東京駅で乗り換えますか?」
to change trains で「電車を乗り換える」
ーDo you need to go on from Tokyo Station?
「東京駅から乗り換えはありますか?」
to go on で「さらに進む・次の場所へ行く」という意味があるので、これを使って言うと在来線に乗り換えて次の場所に行くというニュアンスになります。
ご参考まで!