You should probably put it in that file over there.
ご質問ありがとうございます。
① "I think it's fine to put it in that file there. "＝「そこのファイルに入れれば良いと思う。」
② "You should probably put it in that file over there."＝「多分、そこにあるファイルに入れるべきだと思う。」
（*put it*の代わりに*put it away*＝「かたずける」というフレーズも使えます。)
ご参考までに。
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI think you could put them in that file.
「そのファイルにしまえばいいと思うよ」
to put ... in that file「…をファイルに入れる」
ーWhy don't you just file them in that file？
「そのファイルにとじたら？」
to file で「ファイルする・綴じる」
ご参考まで！
アメリカ合衆国 
カナダ 
