You should probably put it in that file over there.
ご質問ありがとうございます。
① "I think it's fine to put it in that file there. "=「そこのファイルに入れれば良いと思う。」
② "You should probably put it in that file over there."=「多分、そこにあるファイルに入れるべきだと思う。」
(*put it*の代わりに*put it away*=「かたずける」というフレーズも使えます。)
ご参考までに。