Note that they open late. と言うと、「開店が遅い」ことを言っています。ここのopen は動詞で「開く・開ける」という意味なので、「遅く開く」となります。
もし Note that they are open late. とbeを入れると、状態を表すのでbe open で開いている状態を表し「遅くまで開いている」という意味になります。
他の言い方:
They don't open until later in the morning.
「午前遅くまで開かない」=「開店時間が遅い」
ご参考まで!