この場合、it を使って言っても失礼にはなりませんよ。
ーIs it a male or female?
「オスですか、それともメスですか？」
it を使わない言い方もできますよ。
ーIs your dog male or female?
「あなたの犬はオスですか、それともメスですか？」
ーIs he a he or is she a she?
「彼は男の子、それとも彼女は女の子？」
ご参考まで！
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Is your dog male or female?
として、『あなたの犬はオスですかそれともメスですか？』と聞いてみるのはいかがでしょうか。動物により dog の部分を変えて使うとよいと思います。
役に立ちそうな単語とフレーズ
gender 性、ジェンダー
male 雄
female 雌
参考になれば幸いです。
カナダ 
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